Die Geistliche Kommission (GeiKo) ist eine dauerhafte Kommission, deren drei Mitglieder jährlich von der Vollversammlung der Stipendiatinnen und Stipendiaten gewählt werden. Ihre Aufgabe ist es, die Interessen der studierenden Cusaner*innen gegenüber dem Geistlichen Rektorat und den geistlichen Begleiter*innen zu vertreten und sie bei der Ausarbeitung des geistlichen Programms einzubringen. Die Kommissionsmitglieder stehen darum in regelmäßigem Kontakt mit dem Geistlichen Rektorat. Überdies steht die Kommission den Cusaner*innen einerseits als Ansprechpartner zum geistlichen Programm zur Verfügung, andererseits fördert sie die aktive studentische Mitwirkung am geistlichen Programm im Rahmen cusanischer Veranstaltungen, vor allem der Ferienakademien.