Nemocnice Prachatice a.s. je dlouhodobě mezi 3 největšími zaměstnavateli v regionu. V roce 2012 byla značně ohrožena její budoucnost, ale výsledkem bylo, že z jednání o restrukturalizaci/rušení lůžek vyšla posílena o samostatné ortopedické oddělení a novými smlouvami se všemi zdravotními pojišťovnami na příštích 5 let bez omezení. Díky tomu nemuselo dojít k významné redukci pracovních míst a zvýšení nezaměstnanosti na Prachaticku. Nemocnice zvýšila meziročně počet zaměstnanců o 10 na celkových 368, především v kategorii lékařů a zdravotního personálu. To se meziročně podařilo při mírně vyšších výnosech a zlepšeném hospodářském výsledku. Nemocnice dlouhodobě hospodaří se ziskem a platí svým dodavatelům na splatnost.
V tradiční každoroční celonárodní anketě Nejlepší nemocnice se Nemocnice Prachatice,a.s. umístila na předním místě v kategorii finančního zdraví a na 2. místě ve spokojenosti zaměstnanců za Jihočeský kraj. Nemocnice v Prachaticích má proaktivní a otevřený přístup nejen ke svým pacientům/klientům, ale i zaměstnancům.