HISTORIA SZKOŁY
Pomysł wybudowania w Bogatyni nowej szkoły zrodził się w 1980 roku, 14 kwietnia 1980 roku Urząd Miasta i Gminy wystąpił do Kuratora Oświaty w Jeleniej Górze o ujęcie w planie inwestycyjnym budowy szkoły podstawowej.
31 stycznia 1985 roku Urząd Wojewódzki w Jeleniej Górze zatwierdził plan realizacyjny, a 2 lipca 1987 roku wydał pozwolenie na budowę.
Projekt szkoły opracowało w latach 1986 – 1988 Biuro Projektów „MIASTOPROJEKT” w Zielonej Górze.
Prace przygotowawcze rozpoczęto w październiku 1986 roku, jednak z powodu braku funduszy budowę przerwano. Inwestycja ruszyła na nowo dopiero w drugiej połowie 1991 roku. Głównym wykonawcą robót budowlanych było Przedsiębiorstwo Budownictwa Przemysłowego „EGBUD”.
Największe spiętrzenie robót budowlanych przypadło na lata 1994 – 1995. Prace budowlane i porządkowe trwały jeszcze tuż przed otwarciem szkoły. Jednak dzięki zaangażowaniu wielu osób 1 września 1995 roku pierwsi uczniowie przekroczyli progi nowej szkoły.
Publiczna Szkoła Podstawowa nr 3 w Bogatyni przy ul. Wyczółkowskiego 42a została utworzona Uchwałą nr 136/95 Rady Miasta i Gminy w Bogatyni z dnia 12 lipca 1995 roku.
Właśnie w naszej szkole 1 września 1995 roku odbyła się Ogólnopolska Inauguracja Roku Szkolnego 1995/1996 z udziałem władz centralnych – Premiera Rzeczypospolitej Polskiej Józefa Oleksego, Ministra Edukacji Narodowej - Ryszarda Czarnego, władz wojewódzkich, posłów i senatorów RP, przedstawicieli władz miasta, przedsiębiorstw i firm, które przyczyniły się do powstania tak pięknego obiektu. W czasie tej uroczystości szkole zostało nadane imię jednego z najwybitniejszych polskich pisarzy dla dzieci i młodzieży – Kornela Makuszyńskiego. Autorem pomysłu nadania szkole imienia Makuszyńskiego był pan Franciszek Zaborowski – zwycięzca ogłoszonego przez Radę Miasta i Gminy konkursu na imię dla nowo powstającej szkoły.
W roku 2007, decyzją Rady Miasta i Gminy Bogatynia do kompleksu budynków Publicznej Szkoły Podstawowej Nr 3 została przeniesiona siedziba Gimnazjum Nr 2 i w ten sposób utworzono Zespół Szkół z Oddziałami Integracyjnymi.