Der Bahnhofsteil Hamburg Hohe Schaar liegt im Hafengebiet östlich des Köhlbrandes. Er liegt an der Strecke VzG 1253 Abzw Süderelbbrücke - Hmb Waltershof, die zwischen Hohe Schaar und Hausbruch eingleisig ist. Weiterhin mündet die Strecke VzG 1254 aus Richtung Hmb - Wilhelmsburg in den Bahnhof. Von Hohe Schaar führt ein Rangiergleis über Neuhof nach Hamburg Süd. Zusätzlich besteht eine nicht elektrifizierte Rangiergleisverbindung zwischen Hamburg Hohe Schaar und Hamburg Süd über Hamburg Wilhelmsburg.