Das St.-Johannes-Hospital zählt mit seinen insgesamt 13 bettenführenden Fachabteilungen zu den Schwerpunktkrankenhäusern der Region. Insgesamt stehen 570 Betten in folgenden Fachabteilungen zur Versorgung der Patienten zur Verfügung:
- Klinik für Augenheilkunde
- Klinik für Chirurgie
- Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe
- Klinik für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde
- Klinik für Herz-, Thorax- und Gefäßchirurgie
- Klinik für Innere Medizin I (Kardiologie/Nephrologie)
- Klinik für Innere Medizin II (Gastroenterologie/Onkologie/Palliativstation)
- Institut für Diagnostische und Interventionelle Radiologie
- Zentrallabor
- Zentralapotheke