Kościół św. Tomasza w Lipsku (niem. Thomaskirche (Leipzig)) – kościół położony w Lipsku (kraj związkowy Saksonia) przy ul. Thomaskirchhof 18.Kościół św. Tomasza w Lipsku jest jednym z dwóch głównych kościołów Lipska, znanym jako miejsce działalności Johanna Sebastiana Bacha i chóru chłopięcego św. Tomasza (niem. Thomanerchor) – najstarszego chóru chłopięcego w Niemczech (założonego w 1212).HistoriaW latach 1212–1222 przebudowano starszy kościół targowy na kolegiatę nowego klasztoru św. Tomasza ojców augustianów. Minnesinger Heinrich von Morungen prawdopodobnie podarował klasztorowi relikwie św. Tomasza, które przywiózł ze sobą z Indii. Pozostałości romańskiej budowli odsłonięto przy okazji przeprowadzonych wykopalisk archeologicznych.2 grudnia 1409 w klasztorze św. Tomasza założono Uniwersytet w Lipsku.W latach 1482–1496 pod nadzorem architektów C. Rodera i Conrada Pflügera dokonano przebudowy kościoła w stylu późnogotyckim. 10 kwietnia 1496 biskup Merseburga Thilo von Trotha na nowo poświęcił kościół św. Tomasza.