Fundacja Zielonej Doliny Odry i Warty powstała w 2006 roku jako efekt realizacji schematu I Programu Leader+. W sensie wewnątrzstrukturalnym Fundacja jest organizacją wyjątkową w regionie, jej struktura bowiem zapewnia możliwie szeroki dialog społeczny. Jest to związane z poprzednimi i bieżącymi projektami surowo wymagającymi zbliżonych udziałów procentowych i licznie reprezentowanych wszystkich sektorów życia publicznego w strukturach organizacji. W roku 2006 Fundacja rozpoczęła na terenie pięciu gmin (Witnica, Słońsk, Górzyca, Słubice i Cybinka) realizację schematu II Programu Leader +.